Дмитрий Никифорович Кайгородов родился 31 августа 1846 года в семье преподавателя математики Полоцкого кадетского корпуса Никифора Ивановича Кайгородова. После окончания Полоцкого кадетского корпуса (1863 г.) продолжил учёбу в Константиновском военном (1863-1864 гг.) и Михайловском артиллерийском (1864-1865 гг.) училищах.
С 1868 года, проходя службу на Охтенском пороховом заводе, поступил в качестве вольного слушателя в Земледельческий институт (ныне Санкт-Петербургский государственный лесотехнический университет).
В 1872 году Д.Н.Кайгородов оставил военную службу и защитил кандидатскую диссертацию «О добывании уксусной кислоты как предмета мелкой заводской промышленности». Спустя три года Дмитрий Никифорович возглавил в Санкт-Петербургском Лесном институте кафедру лесной технологии, а позднее - кафедру лесного инженерного искусства. В 1882 году получил звание профессора лесной технологии.
Д.Н.Кайгородов создал фенологическую сеть для проведения биоклиматического районирования европейской части России, составил фенологические карты весеннего прилёта птиц, таблицу «Наглядное изображение пользы и вреда, приносимых нашими птицами» (1891). Результаты фенологических наблюдений с 1888 года регулярно печатались в петербургских газетах под названием «Бюллетень природы». Добровольная фенологическая сеть и сегодня носит имя Д.Н.Кайгородова.
Известный учёный умер 11 февраля 1924 года, на 78-м году жизни, похоронен в парке на территории Лесотехнической академии.
В музейном собрании музея-заповедника хранятся экземпляр книги Д. Н. Кайгородова «Наши весенние цветы», журналы с его статьями, а также ряд копий фотографий, предоставленных Санкт-Петербургским государственным лесотехническим университетом.